J’ai eu le cas où j’avais besoin d’appeler un fichier Javascript à la racine de tous mes sites Sharepoint (et donc avec un lien relatif au site consulté). Pour cela j’ai modifié la masterpage en y ajoutant la ligne suivante :
<script type="text/javascript" src='<asp:Literal runat="server" Text="<% $SPUrl:~Site/customized.js %>"></asp:Literal>'>
C’est donc <asp:Literal runat="server" Text="<% $SPUrl:~Site/customized.js %>"></asp:Literal> qui fait tout le boulot. Et bien sûr vous pouvez utiliser asp:Literal pour d’autres appels de fichiers !